Quotas em uma segunda partição /home2 precisam ser, muitas vezes, ativada no directadmin.
Adicione a opção para DA verificar uma 2ª partição para quotas do sistema durante a contagem.
Editar arquivo
vi /usr/local/directadmin/conf/directadmin.conf
Incluir parametro:
ext_quota_partitions=/home2
Corrigir quota em /home2:
repquota "/home2"
quotaoff -a; quotacheck -avugm; quotaon -a
Reiniciar o painel de controle:
service directadmin restart
echo "action=rewrite&value=quota" >> /usr/local/directadmin/data/task.queue